La Alianza de Antioquia por la Equidad está concebida en su estructura institucional en tres niveles desde donde se busca dinamizar los proyectos para lograr los objetivos:

I) El Direccionamiento Estratégico, en el primer nivel, en cabeza del Consejo Departamental para la Política Social y la Equidad.

II) Un segundo nivel de Planeación y Evaluación, compuesto para cada objetivo por un Consejo Temático Departamental con su respectiva Secretaría Técnica.

III) El tercer nivel, de Ejecución y Monitoreo, en el cual se ubica la Unidad Coordinadora, responsable de la ruta pedagógica y comunicacional, iniciativas de equidad, monitoreo y seguimiento de indicadores.